Был родом из Кипрского города Амафунта. По воле родителей вступил в брак и имел детей. Когда жена и дети умерли, он стал иноком: строгим постником, молитвенником и братолюбцем. В юности видел сон, в котором ему под образом прекрасной девы с масличным венком на голове, являлось Милосердие Божие.
Став патриархом Александрийским, нес архипастырское служение, заботясь о нравственном и догматическом воспитании пасомых. Во время своего патриаршества он боролся против монофелитской ереси.
Был чрезвычайно милостив: выкупал пленников, ежедневно кормил до семь с половиной тысяч бедных и больных, помогал нуждающимся. По средам и пятницам святитель целый день сидел у ворот церковных, чтобы каждый имеющий нужду мог прийти к нему беспрепятственно. Кроме этого, святой часто совершал Божественные литургии за умерших, говоря, что совершаемые за умерших Божественные литургии приносят великую пользу усопшим. Также много поучал святой своих духовных чад опасаться осуждения, приводя им назидательные примеры.
Святой Иоанн, строгий аскет и молитвенник, всегда имел в душе память смертную. Он заказал для себя гроб, но не велел мастерам доделывать его до конца, указав каждый праздничный день приходить к нему и спрашивать, не пора ли завершить работу. Незадолго до своей кончины святитель Иоанн был вынужден по болезни оставить кафедру и удалиться на остров Кипр, где мирно почил о Господе около 620 г.
