Он жил на покое в Макарьевской пустыни Казанской епархии, где и преставился 14 апреля 1706 года. Был погребен в «пещерке» Спасо-Преображенского монастыря Казанского кремля. Надпись на могиле гласила: «Успе и погребен на сем месте греческих стран, Андружския епархии, Пелопонского острова, епископ Арсений, который жил прежде в Москве 7201-го 1692–1693 гг., и посем жил в Макарьеве пустыне, что близ Свияжска, тут и преставись в лето от Рождества Христова 1706-го апреля в 14 день, и погребен великим господином преосвященным Тихоном, митрополитом Казанским и Свияжским, апреля в 16 день…»
В настоящее время его честные останки покоятся в усыпальнице купцов Михляевых под колокольней Петропавловского собора города Казани.