В 2016/2017 учебный год Казанская православная духовная семинария вступает с новыми направлениями научно-педагогической работы. Теперь наряду с образовательными профилями «История Церкви» и «Церковная лингвистика» в магистратуре можно специализироваться по направлениям «Православное богословие и религиозная философия» и «Миссионерское служение в современном мире». Последние две магистерские программы включены учебный план семинарии после одобрения Учебного Комитета Русской Православной Церкви.
Среди дисциплин, изучаемых на богословско-философском профиле «Православное богословие XX-XXI вв.», «Христианство и античная философия», «История взаимоотношений богословия и философии», «Русская религиозная философия: антропологический аспект», «Религиозная мысль Русского зарубежья». В учебной программе большое внимание уделено русской религиозной философии и христианской антропологии.
На миссионерском профиле преподаются такие предметы, как «История православной миссии», «Переводы Священного Писания на языки народов Поволжья», «Взаимоотношения со СМИ и религиозная журналистика», «Молодежное служение Церкви», «Возрастная педагогика и психология» и многие другие.
Помимо этого, в наступающем учебном году при семинарии открывается отделение дополнительного образования, в рамках которого будут проходить подготовку приходские специалисты — помощники благочинных и настоятелей по миссионерской и катехизаторской деятельности.
Решением Ученого совета от 3 июля 2016 года в семинарии учреждена кафедра исламоведения. Изучение мусульманского богословия, а также важнейших языков ислама — в частности, арабского и персидского, будут приоритетными направлениями работы данной кафедры.
