Был начальником 12 сирийских подвижников, учеников его: священномученика Авива, епископа Некресского (память 29 ноября/12 декабря), преподобного Исе, епископа Цилканского (память 2/15 декабря), святителя Иосифа, епископа Алавердского (память 15/28 сентября), преподобного Шио Мгвимского (память 9/22 мая), преподобного Давида Гареджийского (память 7/20 мая и в четверг по Вознесении), преподобного Антония Марткопского, столпника (память 19 января/1 февраля), Фаддея Степанцминдского (память 7/20 мая), Пирра Бретского (память 7/20 мая), Зенона Икалтойского (память 7/20 мая), Михаила Улумбийского (память 7/20 мая), Исидора Самтавийского (память 7/20 мая), Стефана Хирского (память 7/20 мая). Все святые отцы — основатели грузинского монашества, пришедшие в Грузию из Каппадокии в середине VI века.
О месте рождения святого сведений не сохранилось, но духовное образование он получил в Антиохии Сирийской. В молодые годы принял монашество и предался уединенной аскетической жизни, стяжав впоследствии удивительную кротость, смирение и дар чудотворения. Слава о духовных подвигах привлекла к нему множество учеников, из числа которых св. Иоанн Зедазнийский избрал по жребию двенадцать человек и, исполняя повеление Богоматери, отправился с ними в Грузию, где все они много потрудились над распространением и утверждением Православия.
Преподобный Иоанн поселился на горе Зедазени (Заден, на северо-востоке от города Мцхета). После избрания святых Авива и Исе епископами св. Иоанну явилась во сне Божия Матерь и повелела ему послать своих учеников по разным местам Грузии для проповеди Евангелия, а сам он остался подвизаться на вершине горы. Его великие подвиги, чудеса и исцеления привлекали к нему множество страждущего народа. Преподобный своей молитвой извел на вершине горы источник, исцелил расслабленного, изгнал беса из глухонемого отрока, после чего он стал слышать и говорить. Святой имел власть и над дикими зверями: он запретил огромному медведю вредить людям.
Предузнав о своей кончине, мирно почил о Господе между 557 и 560 гг. Был погребен на месте своих подвигов.
