Митрополит Маркелл происходил из южных славян, год рождения его неизвестен. До монашества сей архипастырь служил в польском приказе переводческих языков — греческого, латинского, немецкого, польского и татарского. После пострижения последовало его назначение на должность судьи в Тиунской палате на патриаршем дворе. С 1679 года он является архимандритом Брянского Свенского монастыря.
21 марта 1680 года архимандрит Маркелл был рукоположен во епископа Суздальского и Юрьевского, с возведением в сан архиепископа. 6 сентября 1681 года последовал его перевод на Псковскую митрополичью кафедру, а 8 сентября 1690 года он был переведен в Казань, где и скончался 21 августа 1698 года и был погребен в правом приделе Кафедрального собора.
В сороковых годах XIX столетия честные останки митрополита Маркелла были перенесены под главный алтарь вместе с мощами преосвященных Тихона I и Лаврентия II.
При митрополите Маркелле в Казани 13 мая 1694 года случился большой пожар, которым были повреждены мощи святого Варсонофия.