В нижнем храме Благовещенского собора Казанского кремля совершаются богослужения по пятницам и субботам. Начало вечернего богослужения в пятницу в 17:00, начало Литургии в субботу в 8:30. Службы совершают священнослужители Благовещенского прихода. Помолиться в крипте приглашаются прихожане столичных храмов, жители и гости Казани.
Благовещенский собор является уникальным храмом, поскольку в нём сохраняется нетронутой часть соборного некрополя. Под алтарем Благовещенского собора располагался храм, освящённый в 1896 году в честь Всех святых. Этот храм являлся усыпальницей казанских архиереев. Сохранились погребения пяти митрополитов и трех архиепископов в самом Благовещенском соборе и погребения двух архиепископов в придельном храме.
18 декабря 2023 года митрополит Казанский и Татарстанский Кирилл совершил великое освящение престола нижнего храма Благовещенского собора во имя святителя Гурия Казанского и всех святых, от века Богу угодивших.
«Верхний храм этого величественного собора видоизменялся за прошедшие годы, а нижний храм остался практически неизменным. В этих стенах молился апостол нашей земли владыка Гурий. Возможно, что-то здесь он построил собственноручно. В нашем городе есть храмы во имя святителей Гурия, Германа и Варсонофия, но нет ни одного храма святителя Гурия. В конце XIX века престол этого храма был освящён во имя всех святых, от века Богу угодивших. Это название остаётся. Но сегодня мы освятили этот престол во имя святителя Гурия и всех святых! Всех вас благодарю за любовь к Благовещенскому собору, который святитель Гурий построил и где почивали его святые мощи», — сказал глава Татарстанской митрополии после освящения престола.