По просьбе правозащитной группы клириков и мирян митрополит Тульчинский и Брацлавский Ионафан дал оценку словам Патриарха Константинопольского Варфоломея, который 15 октября 2023 года на встрече в Мадриде с клириками Испанской и Португальской митрополии Константинопольского Патриархата сказал, что считает уголовное преследование иерархов Украинской Православной Церкви справедливым и обоснованным. Ответ митрополита Ионафана опубликован на сайте Тульчинской епархии.
Слова осуждения в отношении исповеднического подвига украинских иерархов, защищающих Православие и свою каноническую Церковь, заведомо клеветнические, они греховны и даже кощунственны, уверен митрополит Ионафан. 7 августа 2023 года 75-летний тяжело больной архиерей, широко известный в православном мире церковный композитор, по абсурдным обвинениям был приговорен к пяти годам лишения свободы с конфискацией имущества.
Владыка Ионафан заявил: «Странные и неразумные слова Патриарха Варфоломея в Мадриде подобны тупому и ржавому мечу, который безжалостно и жестоко ранил души гонимых иерархов Украинской Православной Церкви, ее клириков и мирян и на Украине, и в дальних странах. Он духовно-символически разодрал надвое мантию Константинопольского Первосвятителя, и ныне она своим неподобающим образом лишилась благодатной силы мантии святого пророка Илии — защитника веры и правды и, поруганная ложью, вопиет к Небу о падении на грешную землю ее гордого бывшего господина».
По словам митрополита Ионафана, множество архипастырей, клириков и мирян Украинской Православной Церкви окончательно утратили доверие в объективность суждений Константинопольского Патриарха «после ужасающих слов главы Фанара его клирикам в Мадриде на фоне погромов и захватов храмов и монастырей, изгнания духовной семинарии и духовной академии из Киево-Печерской лавры, на фоне обысков, арестов и судов архиереев канонической Украинской Православной Церкви, на фоне плача и скорби верных Украинской Православной Церкви». «Неужели ему лестно будет молиться Богу в пустых храмах Лавры?!», — задает вопрос иерарх.
«Я же, убогий и недостойный, ранее неправедно осужденный винницким судьей на пять лет лишения свободы и в свое время получивший из рук Первосвятителя Нового Рима достойный церковный орден, дерзну ему заявить: Вы ошибаетесь! Опомнитесь и сверните с пути грешников, омойте свои глаза водой покаяния и мира Божиего! И тогда очиститесь от греха лжесвидетельства против узников совести и от позора в веках!» — призвал митрополит Ионафан.
