Родом из Фригии (Малая Азия). В 18 лет пришел в один из фракийских монастырей, где вскоре за свою добродетельную жизнь стал известен многим. Борясь с плотской страстью, он пятьдесят дней провел в посте, не вкушая ни хлеба, ни воды. Затем по благословению настоятеля обители выпил во время вечерни в присутствии братии вино с хлебом и исцелился от страсти.
В поисках нового места для подвига преподобный Ипатий поселился с двумя другими иноками в заброшенной Руфианской обители вблизи Халкидона (Малая Азия). Монастырь был восстановлен и вскоре вокруг святого подвижника собралось много иноков, обитель снова стала духовно процветать. В возрасте сорока лет преподобный Ипатий был избран игуменом и в течение сорока лет управлял обителью. Многие иноки, подражая своему наставнику, достигли высокого духовного совершенства. За свою строгую подвижническую жизнь и самоотверженную любовь к ближним св. Ипатий удостоился от Господа дара чудотворений и исцелений. По его святым молитвам умножался хлеб в обители и исцелялись многие бесноватые, слепые, иссохшие и кровоточивые, приходившие в монастырь. Преподобный Ипатий мирно почил о Господе восьмидесятилетним старцем около 446 г.