26 сентября — годовщина знаменательного события в истории Казанской епархии — в 1995 году в ходе раскопок на территории Казанского Кремля были обретены мощи митрополита Казанского и Свияжского Ефрема.
Назначенный на Казанскую кафедру Патриархом Ермогеном в июле 1606 года, святитель Ефрем явился достойным его преемником. Возглавляя Казанскую епархию в 1606-1613 годах — в тяжелый для России период Смутного времени, казанский владыка завоевал славу как ревностный поборник Православия, независимости и единства Русского государства. Он был верным сподвижником и соработником Патриарха Ермогена в тяжелом деле умиротворения Руси.
После мученической кончины Патриарха митрополит Ефрем встал во главе иерархии Русской Церкви. 11 июля 1613 года он венчал на царство нового царя — Михаила Федоровича Романова, чем закончил великое дело и исполнил свой священный долг. Достойно пронеся свое архипастырское служение среди треволнений тяжелых политических, общественных и церковных нестроений, митрополит Ефрем скончался на второй день праздника Рождества Христова 26 декабря 1613 года в Казани. «Уважение к его светлой личности и деятельности казанцы выразили тем, что положили тело его в часовне Спасо-Преображенского монастыря, на месте покоя святителей Гурия и Варсонофия, рядом с телами блаженных Ионы и Нектария и архиепископа Епифания».
Казанским обществом трезвости и Казанским отделением Русского собрания во главе Александром Титовичем Соловьевым была проявлена инициатива о «благоустройстве "часовни-склепа" с останками митрополита Казанского и Свияжского Ефрема».
Как отмечает в своем исследовании кандидат исторических наук, главный советник Управления по взаимодействию с религиозными объединениями Департамента Президента Республики Татарстан по вопросам внутренней политики Игорь Евгеньевич Алексеев:
«…долгое время общая сумма пожертвований явно не дотягивала до того уровня, с которого можно было приступить к осуществлению задуманного. Между тем, казанские эрэсовцы и трезвенники не отчаивались и всеми силами привлекали к данной проблеме внимание общества, а также казанских и столичных светских и духовных властей: принимали массовое участие (с крестными ходами) в панихидах на могиле митрополита Казанского и Свияжского Ефрема, заказали, изготовили и возложили на последнюю икону с его изображением, возбудили необходимые ходатайства и произвели согласования проектов плана часовни (утверждён был проект инженера П.П. Голышева).
После того, как комитет по строительству памятника-часовни возглавил Казанский губернатор Петр Михайлович Боярский, дело получило новый импульс. В сотрудничестве с настоятелем Спасо-Преображенского монастыря, архимандритом Иоасафом (Удаловым) — будущим священномучеником, новому председателю удалось быстро довести дело до желанного конца. При этом было решено претворять в жизнь проект часовни инженера-художника Петра Ивановича Абрамычева, который в лучшую сторону отличался от всех предыдущих».
14 мая 1915 года в Спасо-Преображенском монастыре состоялась долгожданная торжественная закладка часовни, превратившаяся в массовое празднество, ставшая кульминацией деятельности по возрождению почитания и увековечению памяти митрополита Ефрема.
Вот как в газете «Казанский Телеграф» описывал происходящее очевидец того знаменательного события Николай Александров:
«Сегодняшний день надолго останется в памяти казанцев.
Давно уже, очень давно наш город не видал такой величественной, красивой картины.
Торжество закладки памятника часовни над гробницей великого святителя-патриота митрополита Ефрема вышло настоящим, действительным народным торжеством…
Море человеческих голов, красиво построенные шпалерами войска, масса учащихся, с национальными флагами, ряды колыхающихся хоругвей и многочисленные образа, находившиеся около помоста — составляли необычайную, незабываемую картину…».
Усердием руководителя отдела редких рукописей и книг Научной библиотеки им. Лобачевского Казанского федерального университета Эльмиры Исхаковны Амерхановой был разыскан проект часовни Петра Абрамычева.
По информации журнала «Деятель» в феврале 1916 года, благодаря стараниям строительного комитета под председательством Казанского губернатора П.М. Боярского, часовня была «в черне закончена» и начался «кружечный сбор» средств на её внутреннюю отделку.
«Однако революционные события 1917 г. и последовавшее за ними богоборческое лихолетье внесли в дело увековечения памяти святителя Ефрема свои разрушительные коррективы…практически весь комплекс бывшего Спасо-Преображенского монастыря был разрушен до основания, но часть из того, что находилось под землёй, к счастью, уцелела».
В 1995 году по благословению епископа Казанского и Татарстанского Анастасия под руководством Жанны Рудольфовны Алфеевой были проведены раскопки на территории Казанского Кремля.
26 сентября 1995 года мощи святителя Ефрема были обретены и перенесены в Петропавловский собор, где ныне и пребывают.
В настоящее время по благословению митрополита Казанского и Татарстанского Кирилла осуществляется сбор свидетельств о молитвенной помощи святителя Ефрема для передачи документов в комиссию по канонизации.
100 лет назад русский церковный историк, профессор Казанской духовной академии Иван Михайлович Покровский писал: «будем надеяться, что спасенная двумя великими иерархами Святая Православная Русь, вознося свою молитву святому мученику святителю Ермогену, будет возносить их и к святителю Ефрему».