Происходил из рода московских князей Охлябининых. Принял монашество в Кирилло-Белозерском монастыре, ученик преподобного Нила Сорского († 1508 г.; память 7/20 мая). Вместе со своим наставником совершал паломни-чество в Палестину, Константинополь, на святую гору Афон, где прожил несколько лет. Возвратившись на родину и ища безмолвия, преподобный Иннокентий вместе с преподобным Нилом поселился на реке Сорке, где его учитель основал скит со строгим уставом.
По указанию Божия Промысла преподобный оставил своего наставника и поселился в Комельском лесу, недалеко от Вологды, на реке Еде. Тридцать лет трудился преподобный Иннокентий над устройством монастыря. На основании творений святых отцов и особенно писаний преподобный Нила Сорского он составил для братии наставления. Преподобный Иннокентий завещал прежде всего избегать ссор и споров просил хранить любовь о Христе и мир духовный. Покидавший пустыню инок терял право на келлию, а если возвращался, то мог занять ее лишь с согласия настоятеля и братии. Будущую церковь преподобный просил освятить во имя святого и великого Иоанна Предтечи, Крестителя Господня, в воспоминание третьего обретения его честной главы (празднуемого 25 мая/7 июня), ибо святой Иоанн Предтеча — наставник всем инокам и пустынножителям. Преподобный мирно почил о Господе 19 марта 1521 г.
Тропарь преподобному Иннокентию Комельскому, Вологодскому
Тропарь, глас 4
От юности сосуд избранен был еси и в житии Богу послужил еси, иноков наставниче Иннокентие, потщался еси хуждшее покорити лучшему, темже и страсти умертвив, возвысился еси к зрению красоты несозданныя, в Бозе Емуже предстоиши, моли, отче, Христа Бога спастися душам нашим.