Священномученик Протерий был патриархом Александрийским после нечестивого Диоскора, зараженного монофизитской ересью. Когда Диоскор патриаршествовал в Александрии и распространял ересь по всему Египту, в это время Протерий жил там в сане пресвитера. Его все знали, как человека, отличающегося благочестивым настроением и исполненного богодухновенного разума. Как муж богопросвещенный, он понимал нечестие той ереси, которой держался Диоскор, и сильно вооружался против еретиков, дерзавших утверждать, что в Иисусе Христе едино естество (божеское), а не два, как учила православная церковь.
Желая склонить Протерия на свою сторону, Диоскор старался относиться к нему возможно ласковее и даже почтил его саном протопресвитера, но все было безуспешно: св. Протерий был непоколебим и продолжал по-прежнему обличать еретиков. Наконец, нечестивая ересь монофизитов, иначе ересь Евтихия, была осуждена на четвертом вселенском соборе (Халкидонском, 451 г.). Диоскор, как приверженец этой ереси, был низвержен из своего сана; на его место, по желанию православных архиереев, клириков и народа, был избран и поставлен в патриархи александрийские св. Протерий, как человек более достойный этого сана.
Новопоставленному патриарху предстояла тяжелая работа по искоренению монофизитской ереси из александрийской паствы, среди которой она весьма крепко укоренилась. Приверженцы Диоскора были недовольны поставлением Протерия в патриархи и стали вести против него интриги и козни в народе. Посему, когда Протерий, вступив в управление александрийской кафедрой, стал исповедывать православное учение о двух естествах в Иисусе Христе, утвержденное отцами церкви на Халкидонском соборе, то против него в народе, по наущению приверженцев Диоскора, вспыхнул мятеж. В самом духовенстве Александрии произошел полный раскол. Некоторые из пресвитеров и клириков, во главе с пресвитером Тимофеем Елуром и диаконом Петром Монгом, не захотели иметь общения с православными и перестали повиноваться своему законному патриарху, и вообще, одни признавали новопоставленного патриарха и держались православия, другие же проклинали исповедание веры, принятое на Халкидонском соборе, и требовали возвращения на патриарший престол Диоскора. В народе сильное волнение и возмущение против Протерия достигло скоро таких размеров, что для усмирения возмутившихся прибыл из Фиваиды консул с сильным отрядом воинов.
Толпа встретила воинов метанием камней и оскорблениями. Видя многочисленность и озлобление толпы, воины устремились в языческий храм Сераписа и затворились в нем. Толпа сожгла храм и всех бывших в нем воинов. Царствовавший в то время благочестивый император Маркиан, услышав о таком злодеянии александрийцев, сильно разгневался и послал в Александрию еще большие, чем прежде военные силы. Мятеж был усмирен. По приказанию Маркиана, у александрийцев в наказание были отняты народные бани и другие угодья; свобода их была ограничена, бывшие у них народные представления закрыты. Граждане, скорбя по поводу царского гнева, просили Протерия, чтобы он отправился к царю и ходатайствовал пред ним за опальный город. Кроткий Протерий забыл обиды, нанесенные ему мятежниками, и отправился в Константинополь к Маркиану. Император милостиво выслушал его ходатайство за мятежный город и исполнил все его просьбы. Жителям Александрии была возвращена свобода и дозволение ввозить в город хлеб из Египта, что было раньше воспрещено разгневанным императором. Вернувшись в Александрию, св. Протерий некоторое время мирно управлял своей паствой. Не захотевшего подчиниться ему пресвитера Тимофея Елура он отлучил от церкви и предал извержению из сана. Но вот скончался покровитель православия благочестивый император Маркиан. Еретики опять задумали восстание. Возмущая простой народ, они постарались вооружить против Протерия и египетских монахов. С этой целью Тимофей Елур прибегнул к обману. В темную безлунную ночь он, одевшись в темную одежду, обходил жилища иноков и говорил им, называя каждого инока по имени: «Я один из ангелов. Меня послал Бог известить вас, чтобы вы не имели общения с Протерием и не принимали постановлений Халкидонского собора. Тимофей Елур должен быть епископом в Александрии».
Все иноки приняли эти слова за повеление Божие. И вот, собравшись вместе и посоветовавшись, они отправились в Александрию. Их намерение заключалось в том, чтобы изгнать св. Протерия из Александрии. Между тем Тимофей Елур тайно действовал еще и в народе и собирал вокруг себя мятежников, причем одним он давал деньги, других же просто прельщал. Случилось так, что в это время консула императорского не было в Александрии (он находился в Верхнем Египте). Мятежники воспользовались этим и двинулись всею многочисленной толпой к храму. В толпе мятежников находились, кроме людей вооруженных, нанятых Тимофеем Елуром, также два епископа и несколько клириков, отлученных от церкви. Они посвятили в церкви Тимофея Елура в епископы и нарекли его патриархом александрийским.
Видя такое бесстыдное попрание закона Божия и повеления царского, св. Протерий ночью ушел из города. На пути он лег отдохнуть. Ему было сонное видение; явился пророк Исаия и сказал: «Возвратись во град, там я буду ждать тебя». Размыслив о сем видении, св. Протерий уразумел, что ему предстоит мученическая кончина. Возвратившись в город, он вошел в церковную крестильницу. Мятежники, тщетно разыскивавшие его повсюду целую ночь, узнав, что он находится в крестильнице, ворвались туда и убили Протерия и находивших с ним шесть человек (457 г.). При этом бесчеловечные мучители истерзали все тело святителя железными палками, которые они носили с собой. Не удовольствовавшись убиением, мучители, привязав к ногам мученика веревки, повлекли тело его на середину города, нанося при сем удары ему разными орудиями; затем разложили большой костер и сожгли на нем тело мученика, а прах его развеяли по ветру. По приказанию самозванного патриарха Тимофея Елура, был сожжен даже архиерейский престол, на котором восседал св. Протерий.
Но скоро Тимофей Елур получил за свои деяния достойное возмездие. Когда он начал смещать с кафедр некоторых православных епископов, замещая их своими сторонниками, то православные восстали против беззаконий, чинимых им, и обратились с жалобой на Елура к тогдашнему императору Льву Великому (половина V в.). Сильно скорбел император, получив известие о происшедшем убиении св. Протерия. В Александрию были посланы немедленно войска, которые достойно наказали мятежников. Сам Тимофей Елур, как незаконно поставленный в патриархи, был отдан на суд православных епископов. Его лишили сана, отлучили совершенно от церкви и послали на заточение в Гангры, где был некогда в заточении и учитель его, Диоскор. На место Елура патриархом александрийским был избран другой Тимофей, по прозванию Салофакиол, человек, отличавшийся мудростью, твердою верою и добродетельной жизнью, за что он и пользовался от всех любовью и уважением. Под его мудрым управлением наступил в александрийской церкви мир и спокойствие.