Село Высокая Гора основано в 80-е годы XVI века. Первоначально оно было дворцовым, а с 1630 года принадлежало Казанскому Успенскому Зилантову монастырю.
Деревянная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы существовала в селе уже с конца XVI века, деревянные царские врата из этой церкви были целы еще в начале XX века, в 1912 году их поместили в казанский музей церковной археологии.
Церковь одноглавая крестообразная в плане, под шатровой крышей Колокольня двухъярусная. Памятник провинциальной архитектуры с элементами псевдорусского и византийского стилей.
Инициатором строительства нового каменного храма в честь праздника Рождества Пресвятой Богородицы был священник Николай Иванович Сельский, служивший здесь с 1881 года. Основные средства пожертвовал казанский купец Степан Сергеевич Суслов, происходивший из крестьян села Высокая Гора и имевший здесь мельницу. Трехпрестольный храм был построен в период с 1881 по 1886 годы. Правый придел был освящен во имя Святителя и Чудотворца Николая, левый — во имя святых мучеников Флора и Лавра. Главной святыней храма являлся чудотворный список Владимирской иконы Божией Матери.
Первоначально церковь представляла собой типичный образец византийского стиля. Однако после закрытия храма купола были снесены, колокольня повреждена.
После возвращения в 1995 году храма верующим, в нем начались реставрационные работы. Организация восстановительных работ в храме связана с именем протоиерея Иоанна Державина, настоятеля Богородице-Рождественской церкви.
21 сентября 2006 года состоялось великое освящение восстановленного храма Рождества Богородицы. Чин освящения совершил архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий.
9 марта 2008 года на 46 году жизни во время паломнической поездки на Святую Землю настоятель храма Рождества Пресвятой Богородицы села Высокая Гора, благочинный Высокогорского округа протоиерей Иоанн Державин скоропостижно скончался.