Храм Богоявления Господня в селе Анатыш была построена в 1718 году. В 1798 году рядом с ним была построена ещё одна церковь — в честь Владимирской иконы Божией Матери. Оба храма простояли довольно долгое время и были разобраны из-за ветхости. В 1903 году на их месте был построен каменный однопрестольный храм, освящённый в честь Владимирской иконы Божией Матери.
В 30-е годы XX века храм был закрыт и разграблен. В 1991 году он был вновь передан Казанской епархии, и в 1994 году после проведения восстановительных работ в нем возобновились богослужения. В 2003 году храм был освящён архиепископом Казанским и Татарстанским Анастасием.
Богослужения совершаются в воскресные и праздничные дни.