Храм в честь Пророка и Предтечи Иоанна в селе Ключищи строился в период с 1797-го по 1804-й на средства помещика Павла Петровича Нарышкина, род которого владел здешними землями с 1693 года.
Освятил Иоанно-Предтеченскую церковь в 1804 году по благословлению архиепископа Казанского и Симбирского Павла местный благочинный священник Симеон Чернышев. Правый придел был освящен в честь святой небесной покровительницы жены Павла Нарышкина — великомученицы Варвары. Строил храм местный крестьянин Андрей Иванович Рябин.
В 1890—1891 годах к храму пристроили левый придел на средства, собранные священником Андреем Боголюбовым. Крупную сумму пожертвовали маркиза Елизавета Михайловна Паулуччи, владевшая селом с 1881 года, и ее муж Александр Филиппович.
В облике храма Иоанна Предтечи наблюдаются характерные черты классического стиля, получившего развитие в России в конце XVIII — первой трети XIX века.
В числе прихожан храма была уроженка Ключищ одна из первых военных медсестер Дарья Михайлова, более известная как Даша Севастопольская. В 1892 году, вернувшись в родное село, она пожертвовала церкви икону Николая Чудотворца.
В 1801—1825 годах в приходе служил священник Семен Иванович Чернышов. Служивший в храме в 1887—1905 годах священник Андрей Иванович Боголюбов составил описание храма и прихода. Его небольшая книга «Иоанно-Предтеченская церковь села Ключищ…» была издана в 1902 году отдельным оттиском из номера «Известий по Казанской епархии».
В советское время Иоанно-Предтеченский храм, как и многие другие российские храмы, осквернили, разграбили и закрыли.
Восстановление храма началось в 2011 году на средства благотворителя — председателя правления АО «Банк „Заречье“» Натальи Владимировны Девятых.
26 ноября 2011 года архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий совершил чин великого освящения церкви. Придельные храмы освятили в честь двух почитаемых во всем христианском мире святителей — Спиридона Тримифунтского и Николая Мирликийского, а главный престол — в честь Иоанна Предтечи.