Храм во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского построен в 1992 году. Первоначально на территории, занимаемой ныне храмом, планировалось возвести часовню, воскресную школу и благотворительную столовую. Но позже было принято решение возродить Казанскую духовную семинарию, и часовня подверглась реконструкции, а в здании воскресной школы разместилась семинария.
Изначально предполагалось, что храм, который строили всем миром, будут посещать не только студенты и преподаватели семинарии, но и верующие Авиастроительного и Московского районов города.
Семинарский храм — первая в России церковь, освященная в честь праведного Иоанна Кронштадтского. Святого, канонизированного в 1990 году, на Казанской земле почитали издавна. В советское время труд батюшки «Моя жизнь во Христе» пользовался у верующих большой популярностью, несмотря на богоборческую политику властей. Святого пастыря почитал и владыка Анастасий. Он общался с исповедниками, которые были знакомы с Иоанном Кронштадтским.
Из жития святого мы знаем, что ему трудно давалась учеба, и лишь после долгой и усердной молитвы «очи разума» будущего Всероссийского пастыря открылись. Святой праведный Иоанн Кронштадтский помогает всем учащим и учащимся.
Семинарский храм освятил епископ Казанский и Татарстанский Анастасий 20 декабря 1996 года. Духовная школа открылась в 1997-м. В то время храм уже имел священников и хор.
«И семинария, и храм были построены на средства, собранные владыкой. Мы тогда несли пономарское послушание. И перед Пасхой обычно очищали стены от копоти, — вспоминает священник Николай Дьяков преподаватель КазПДС, один из первых выпускников духовной школы. — Семинарский храм — памятник 90-х годов. Архитектуре тогда не придавали большого значения».
Приход семинарского храма довольно большой. Студенты КазПДС несут пономарское и певческое послушания и читают проповеди, познавая трудности и радости приходской жизни.
Богослужения в храме совершаются ежедневно. По будням Божественная литургия начинается в 8:00. В восккрестные и праздничные дни совершается две Литургии — раняя в 7:00 и поздняя в 9:00. Начало вечернего богослужения в 17:00.