Уважаемая Елена!

Молиться можно за всех, но в домашней молитве. Церковь же молится за всех православных христиан. Если Ваш дед был крещен, то подавайте за него записки о поминовении в храме, несмотря на его прошлое. Один Господь знает наше сердце, а потому он рассудит.  Разбойник же на кресте покаялся..