Собор действует.
Престолы: Софии Премудрости Божией
Архитектурные стили: Эклектика, Псевдовизантийский стиль
Год постройки: Между 1901 и 1912.
Архитектор: Ф.Н.Малиновский
Церковь Святой Троицы — главный храм монастыря. В 1888 году губернским архитектором Федором Николаевичем Малиновским был подготовлен проект этого храма. Вероятно, прототипом Троицкой церкви стал Морской собор в г. Кронштадте. По архитектуре почти совпадает с Богородице-Скорбященской церковью в Свияжске. В 1901 году закладывается фундамент (блоками по 20 пудов). Подрядные работы выполнял мастер Захаров. На вспомогательных работах использовался труд монахинь. На завершающей стадии строительства — при возведении барабана церкви «49 монахинь (подносили кирпичи) рухнули вниз вместе с лесами, 17 тут же скончались... захоронены в черте собора». В 1905 году строительство завершено. В 1911 году были закончены отделочные работы. Весной 1912 года состоялось освящение Троицкой церкви, приуроченное к 300-летию царствования дома Романовых.
Монументальный объем храма стал существенной силуэтообразующей доминантой в архитектурной застройке Лаишева. Композиционно-пространственная структура храма представлена пирамидальным нарастанием симметрично расположенных подкупольных объемов. Относится к типу симметрично-осевых пятиглавых четырехстолпных, одноапсидных церквей. Собственно храм двусветный четверик с высоким центральным световым барабаном под сферическим куполом с маковокой на барабане и четырьмя угловыми глухими барабанами с луковичными главками. На восоточном фасаде выступают три полукруглые апсиды под конхой. С запада примыкает односветная под двускатной крышей трапезная, почти равная по ширине храму и нижнему ярусу колокольни, замыкающей ось восток-запад. Трехнефная структура храма выделена на фасадах рустованными лопатками. Арочные окна второго света храма обрамлены профилированной полочкой с килевидным завершением. Килевидным архивольтом завершены дверные порталы храма на южном и северном фасадах. Шесть прямоугольных окон трапезной на фасадах по оси разделены двумя дверями. В оформлении нижнего яруса колокольни использованы: полукруглые и треугольные аркатуры, "городковый" карниз, полубалясины, лопатки, пилястры, трехлопастные килевидные архивольты, и др.
Монастырь был закрыт в 1923 году.
В 1992 году Троицкую церковь (с прилегающими постройками) отдали верующим. Сейчас она носит название «Собор Премудрости Божией Софии» (или сокращенно «Софийский собор»). Здание храма к моменту возвращения находилось в удручающем состоянии. Иконы, церковная утварь, настенные росписи и иконостас полностью уничтожены. Гусеницами тракторов разрушена половая плитка и «тепловые ходы» (составляющая системы отопления храма) под ней. Покрытие куполов пришло в негодность и во многих местах прогнило.
Сразу после возвращения храма Русской Православной Церкви началось его восстановление. Были перекрыты купола храма, обновлены поврежденные фрагменты стен, выстроен каменный забор. В 2001 году президент Татарстана Минтимер Шаймиев организовал для храма пожертвования на сумму 500 тысяч рублей. На них были восстановлены четыре киота и три иконостаса. На роспись центрального иконостаса денег уже не хватило, и пришлось привлекать казанских предпринимателей.
До настоящего времени, по восстановлению Собора, была проведена очень большая работа.В частности, в 2008 году завершилась работа по установке теплых полов в Храме.В 2011 году были покрыты новой кровлей все купола Собора.В начале 2012 года была установлена система стоков Храма.Силами прихожан ведется внутреннее обновление Собора.