Ученик преподобного Варсонофия Великого (VI в.). Откуда был родом преподобный Иоанн Пророк, осталось неизвестным. 18 лет подвизался в безмолвии в келии преподобного Варсонофия. Следуя наставлениям преподобного Варсонофия, Иоанн достиг вершины совершенства, став подобным во всем своему учителю. За свою добродетельную жизнь сподобился даров прозорливости и пророчества, почему и называется Пророком. По своему смирению обращавшихся непосредственно к нему с вопросами он посылал к авве Варсонофию.
Многое провидел и предсказал преподобный Иоанн, также и свою кончину. Молодой игумен того монастыря Елиан умолял его пожить еще хотя бы две недели, чтобы научить его уставу и управлению монастырем. Преподобный Иоанн исполнил его просьбу и действительно умер через две недели. Преподобный Варсонофий Великий пережил своего ученика к друга.
В «Ответах» преподобного Варсонофия и Иоанна Пророка, ставших руководством к духовной жизни не только для их современников, но и последующих поколений, ясно можно видеть постепенное духовное восхождение «от силы в силу» преподобных.